2012年1月1日開始執(zhí)行的《醫(yī)院財務制度》對醫(yī)院開展成本核算提出了明確和全面的要求，在強調(diào)醫(yī)院加強成本管理的同時，對成本核算的一系列內(nèi)容作出了明確規(guī)定，所謂的醫(yī)院成本核算體系是按實用的成本分類，按經(jīng)營層次（單位）和醫(yī)療產(chǎn)出單位，建立不同層次、不同項目的目標成本計劃制度，并核算實際成本，以加強成本管理。建立醫(yī)院成本核算體系必須具備各項財務管理、經(jīng)濟管理和醫(yī)療產(chǎn)出管理的基礎工作條件，并與財政管理政策相適應，因此需要經(jīng)過逐步改革和完善的過程。成本核算是按照《醫(yī)院財務制度》有關成本費用開支范圍的規(guī)定，依據(jù)醫(yī)院管理和決策的需要，對醫(yī)療服務過程的各項耗費進行分類、記錄、歸集、分配和分析，提供相關成本信息的一項經(jīng)濟活動，目前以科室成本核算和醫(yī)療服務項目成本核算為主，今后應逐步創(chuàng)造條件，建立科室成本、醫(yī)療服務項目成本、病種成本，以及日/床醫(yī)療成本和門診人次醫(yī)療成本等標準成本和實際成本核算的方法和制度。但是醫(yī)院成本核算在實際操作中依然存在以下難點：
一、 醫(yī)院經(jīng)濟管理薄弱，造成核算工作難度大
雖然新制度對成本核算的內(nèi)容作出了明確的規(guī)定，但是由于目前醫(yī)院的統(tǒng)計工作正由“封閉型”轉向“開放型”，隨著醫(yī)院成本核算內(nèi)容、范圍及服務對象都有較大地拓展和延伸，醫(yī)院財務、物資管理部門統(tǒng)計各種收支數(shù)據(jù)、物資資料的方法比較簡單，造成進行成本核算的數(shù)據(jù)資料統(tǒng)計不全面，無法滿足新制度中對成本核算的要求，使核算工作難度加大，不能完全真實反映醫(yī)療活動的財務狀況和經(jīng)營成果。
二、 現(xiàn)有醫(yī)療定價制度，使醫(yī)療成本存在不可比性
醫(yī)院各醫(yī)療項目成本情況復雜，目前執(zhí)行的部分基本醫(yī)療服務收費標準方面明顯低于成本，使得醫(yī)療收入與成本、直接成本和間接成本不配比，醫(yī)療成本在項目和病種方面不易測算和比較；同時醫(yī)療服務項目成本的特殊性造成同一項目不同醫(yī)院成本費用差異很大，很難準確確定每個項目成本費用，又因醫(yī)療服務項目成本是一種動態(tài)成本，同一醫(yī)療服務項目成本費用都要因人而異，在醫(yī)療服務過程中消耗工時、設備、材料都會有所不同，這些成本問題使醫(yī)療成本的不可比性增大。
三、 醫(yī)療服務的不可預知性，使醫(yī)療成本核算存在多變性和不確定性
每個醫(yī)療服務項目的提供，都會因就醫(yī)者對醫(yī)療服務項目的需求時間、適應程度、醫(yī)療服務方式選擇及個體差異不同，從而使醫(yī)療服務的成本有所不同。一項新技術的應用同樣可以改變一個醫(yī)療項目的成本結構，既可使其效率提高、成本降低，也可因其投入過高使成本增加，這種醫(yī)療成本的不可預知性，使醫(yī)療項目成本的測算、分攤和評價存在多變性。
四、醫(yī)療服務對象的多樣性，造成成本核算的復雜性
醫(yī)療服務行業(yè)作為一種特殊行業(yè)，醫(yī)療服務對象多樣，醫(yī)療服務項目多達上萬項，由于醫(yī)務人員的專業(yè)性，使就醫(yī)者往往處于被動。在醫(yī)療服務活動中，醫(yī)療服務項目及服務量的主動權不在于就醫(yī)者，而在于醫(yī)務人員，這就使得同一種疾病針對不同病人來說，因其診治方式、病情程度不同亦可使醫(yī)療服務項目成本發(fā)生變化。在現(xiàn)有的政治經(jīng)濟環(huán)境和內(nèi)部管理環(huán)境條件下，醫(yī)院為增強和提高核心競爭力，滿足群眾日益增長的醫(yī)療服務需求，醫(yī)院會不斷努力提高醫(yī)療技術水平，引進和使用新設備、選擇適宜的新技術，通過增加醫(yī)療服務項目和擴大服務量來彌補醫(yī)療項目收入的減少，這樣勢必增加成本核算的復雜性，難以反映各項業(yè)務實際成本的發(fā)生情況，如果醫(yī)院不能很好的進行成本核算，那么醫(yī)院管理者的決策失誤不僅會導致醫(yī)療服務的虧損，而且會造成醫(yī)療服務總成本的失控和社會衛(wèi)生資源利用的不合理。
五、醫(yī)院信息管理系統(tǒng)開發(fā)滯后阻礙了醫(yī)院成本核算的進程
醫(yī)院信息管理平臺不完善或不健全，各部門計算機網(wǎng)絡系統(tǒng)建立不配套或不兼容，電子信息化系統(tǒng)下設置的成本項目編碼未能實現(xiàn)與會計科目的銜接，使各種成本數(shù)據(jù)無法歸集，信息資料傳遞手段落后，許多數(shù)據(jù)處理只有通過手工處理才能使用，根本不能適應現(xiàn)階段醫(yī)院成本核算的需要。
隨著三年醫(yī)改的不斷推進，醫(yī)藥衛(wèi)生體制改革的不斷深入，醫(yī)院管理既要滿足廣大人民群眾的需要，又要適應市場經(jīng)濟體制的變化，成本核算是成本管理體系中的核心部分，解決好核心部分的難點，其他部分的難點也就迎韌而解了。公立醫(yī)院應完善HIS系統(tǒng)，提高醫(yī)院各項工作的效率和質(zhì)量，積極建立科學的管理機制，培養(yǎng)管理人才，樹立和培養(yǎng)全員、全過程參與的成本意識，各負其責，有效地提供成本核算資料，利用規(guī)范的操作方法分析、計算、分攤各項收支，用向心性和以整化零的辦法處理資料不完整，由粗到細循序漸進，將成本核算與績效評價相結合，提高醫(yī)院的經(jīng)濟效益和核心競爭實力。在成本核算的基礎上，建立公立醫(yī)院新型財政補償方案，使公益性醫(yī)療服務虧損得到足額補償，為國家制定合理的醫(yī)療服務價格的制定和基本醫(yī)療保險結算制度的建立提供依據(jù)。
